Originario del New Hampshire, Eggers ha iniziato la sua carriera professionale nel teatro sperimentale e classico nel centro di New York. Ha lavorato a lungo come scenografo e costumista per il cinema, la televisione, il teatro e la danza. Dopo aver diretto alcuni cortometraggi, debutta alla regia cinematografica con il lungometraggio "The Witch". Il film è stato presentato al Sundance Film Festival 2015, dove ha vinto il premio per la miglior regia e ha anche ottenuto riconoscimenti in altri festival cinematografici nazionali ed internazionali, tra cui il Premio Sutherland per la migliore opera prima al London Film Festival. Nel 2019 esce il suo secondo lungometraggio, "The Lighthouse", acclamato da critica e pubblico. Il suo attesissimo terzo lungometraggio, "The Northman", uscirà il 21 aprile nelle sale italiane.